Ранее считалось, что P. vulgaris происходит из Азии, но впоследствии было доказано, что фасоль была впервые одомашнена в Новом Свете: археологические останки были найдены сначала в Перу, а затем на юго-западе США. С тех пор было обнаружено еще несколько останков в Андах, Средней Америке и Северной Америке.
Вавилов предложил южную Мексику и теплые районы Гватемалы в качестве первичного центра происхождения, а Перу, Эквадор и Боливию — в качестве вторичных центров. По другим данным, фасоль обыкновенная и ее многочисленные биотипы произошли от дикого P. aborigineus в Андских регионах. Согласно другой теории, фасоль обыкновенная была одомашнена в Южной Америке и перенесена в Центральную Америку, где наблюдается максимальное разнообразие. Однако Сингх и др. (1991) указали на два различных генофонда фасоли обыкновенной, один из которых андского происхождения, а другой — мезоамериканского (Центральная Америка и Мексика). Большинство сортов фасоли, по-видимому, имеют андское происхождение с интрогрессией из группы Мезоамерики.
Благодаря радиоуглеродному датированию было установлено, что фасоль обыкновенная появилась более 7000 лет назад. Европейские исследователи были ответственны за ранний экспорт видов Phaseolus из Нового Света, особенно P. vulgaris, в другие части света, где они были хорошо адаптированы и быстро приняты. В диком состоянии фасоль обыкновенная встречается от низких до высоких высот, а также от сухой до влажной среды. Однако виды с мясистыми стручками (snap), по-видимому, менее приспособлены к климату, чем виды с сухими стручками.
Одомашнивание привело к уменьшению ветвления при увеличении количества цветков, стручков и размера семян. Хотя размер семян увеличился, количество семян на стручок уменьшилось. В целом, дегисценция стручка и развитие волокон стручка уменьшились, а мясистость стручка увеличилась по сравнению с сортами фасоли. Водопроницаемость сухого семени увеличилась, а твердость семян уменьшилась. У многих биотипов произошел сдвиг от реакции на фотопериод короткого дня к нейтральности длины дня. Хотя дикие виды Phaseolus имеют многолетние и однолетние формы, большинство современных овощных Phaseolus являются однолетними.
Фасоль с давних времен возделывали в странах Южной и Центральной Америки. В конце XVI в. она была завезена в Европу, а в XVII-XVIII вв. стала распространяться в России.
Мелкосеменная фасоль, или маш, была введена в культуру 5-6 тыс. лет назад в странах Южной Азии (Индия, Китай, Япония).
