Семена фасоли очень хрупкие и восприимчивы к механическим повреждениям семенной оболочки или семядолей, где повреждение обезвоженной эмбриональной плюмулы может произойти в виде надлома на гипокотиле. Семена с такими повреждениями всходят с отсутствием точки роста, что приводит к состоянию, известному как лысая голова или змеиная голова. Усовершенствование оборудования для уборки семян, например, использование резиновых лент для разделения семян вместо металлических цилиндров, значительно уменьшает повреждения.

Прорастание является гипогеальным, когда радикула расширяется, выталкивая семядоли над поверхностью почвы до расширения листьев семядоли.

Прорастание семян зависит от температуры, и при температуре почвы ниже 10°C этот процесс практически не начинается. Фасоль требует условий, обеспечивающих быстрое прорастание и появление семядолей. В некоторых случаях семена, посаженные рано в прохладных условиях, могут плохо всходить, поэтому было предпринято несколько попыток разработать лабораторный тест на жизнеспособность семян. Как и в случае с горохом, тест на электропроводность показал взаимосвязь между высоким уровнем выщелачивания электролитов и низкой всхожестью в поле, но установить оценку для теста было сложно из-за больших различий в размере семян. По-видимому, существует потребность в отдельном наборе результатов для интерпретации энергии прорастания крупносемянных типов по сравнению с мелкосемянными. Другой тест на жизнеспособность, используемый в качестве консультативного инструмента в Великобритании, основан на использовании раствора хлорида тетразолия, когда абаксиальным поверхностям зародышей дают пропитаться раствором после удаления семенника и отмечают количество зародышей с участками неокрашенной или не прореагировавшей ткани. Взаимосвязь между большим количеством семян с неокрашенными участками и плохой всхожестью была показана в Великобритании и используется для выявления семян с плохим потенциалом для раннего посева.

Подготовка семян фасоли к посеву заключается в сортировке и воздушно-теплового обогрева.

Рекомендуется семена обрабатывать бактериальными препаратами.

При дефиците в почве микроэлементов рекомендуется провести обработку семян микроудобрениями:

• при содержании в почве марганца менее 3,0 мг/кг рекомендуется обработать семена раствором сульфата марганца в расчете 80-120 г MnSO4 на 1 т семян;
• при содержании в почве цинка менее 1,0 мг/кг рекомендуется обработать семена раствором сульфата цинка в расчете 150-200 г ZnSO4 на 1 т семян.

При обработке семян микроудобрениями используют клеящее вещество NaКМЦ (0,2 кг/т), расход раствора должен быть 10 л/т. Семена после обработки должны иметь влажность не более 14%.

Защитная фунгицидная обработка семян полезна для минимизации загнивания. Семена часто проверяют на всхожесть в холодной почве, чтобы определить их жизнеспособность в неблагоприятных условиях. У сортов с белой семенной оболочкой часто отмечалась плохая всхожесть по сравнению с аналогичными сортами с темной окраской семян. Селекционеры исправили эту особенность в новых сортах с белой семенной оболочкой.