В классе Локулоаскомицеты (Loculoascomycetidae) фитопатогенные виды в основном относятся к порядкам Мириангиевые, Дотидейные, Плеоспоровые и Гистериальные. Наиболее известны своей вредоносностью такие заболевания этого класса, как гельминтос — пориозные пятнистости ячменя, пиренофороз пшеницы, офиобол — лезная корневая гниль зерновых, парша яблони и груши, аскохитозы огурца, гороха. Для фитопатологии основное значение имеют представители классов Устилагиномицеты и Урединиомицеты. Класс Ustilaginomycetes (Ustomycetes) Устилагиномицеты — включает порядок Головневые (Ustilaginales). Виды грибов этого порядка — облигатные паразиты с узкой специализацией, большинство представителей являются паразитами злаковых культур, вызывая «головневые» болезни (твердая и пыльная головня пшеницы, стеблевая головня ржи, пузырчатая головня кукурузы).

Грибы класса Uredinomycetes — Урединиомицеты, порядка Ржавчинные (Uredinales) в цикле развития имеют несколько спороношений и стадий (эциальную, урединио — и телиостадию). Растение, на котором развивается эциальная стадия, называют промежуточным. На основном хозяине развиваются урединио — и тел иостадии. Возбудители рода Puccinia поражают многие зерновые культуры, некоторые овощные и цветочные культуры. Отдел Анаморфные, Несовершенные грибы, или Дейтеромицеты (Deuteromycota), объединяет грибы с многоклеточным гаплоидным мицелием.